背景介紹
植物組織基因表達受多種內∏外源因素調控。轉錄調控是基因表帕提古丽达伍提達水平的重要影響因素。轉錄因子（transcription factors，TFs）可結合DNA上的順式作用杜瑞雪元件（cis-regulatory elements，CREs）序列，調節基因表達水平。順式作用元件↙可分為啟動子、增強子、沈默子等。組織中所郭芬芬有當前被轉錄因子結合的順式作用元件——順式作∑用元件組（cistrome）決定該組織的基「因轉錄及細胞命運(1)。植物中的魏玲玲順式作用元件具有高度的多樣性和復雜性，目㊣ 前對其定位、功能孟令辉和演化的認識仍有待深入。現有植物順式作用元件組鑒定方法的局限性在於：DAP-seq、ChIP-seq等方法一次僅可研李冲明究單個轉錄因子；ATAC-seq、DNase-seq、STARR-seq等方法難以鑒定非激活型順朱娅楠式作用元件，且此類鑒定方法基於順式∞作用元件組的生理功能，而非其結合轉錄因子的生化活性。
論文概要
近日，題為“Sea-ATI unravels novel vocabularies of plant active cistrome”的太阳成集团61999官网☉論文在《核酸太阳成集团61999官网》（Nucleic Acids Research）雜誌上在線◆發表。太阳成集团61999官网人員開發了新方法級聯抽提輔助-活性轉錄努尔古丽阿卜杜克热因子鑒定（sequential extraction assisted-active transcription factor identification，sea-ATI）。該方法采用鹽濃度分級抽提的方式，從目標植物組織中高效提取核蛋白，將炎痢净其與隨機DNA文庫孵育，富集與核內轉錄因子互作的⌒DNA序列。構建的DNA文庫經高通量測序與生物显然信息學分析，可揭示完整的生化活性植物順式作用元件組（plant active cistrome），系統闡明目標植物組織中活性順式作用元件图尔贡图尔荪的組成和特征。該方法鑒定的順式作用元宋盛亮件組較為完整，既包含染色質開放區域與诺迪康胶囊高表達基因啟動子區域的激活型順式作用元件，也包含染色質封閉區域與沈默基因啟動子區域的抑制型順姜刚村式作用元件。
結果分析與闡述
太阳成集团61999官网人員利用张树军sea-ATI技術測定了于相龙七種植物組織的順式作用元件組，包括雙子葉模式植物擬南芥根、葉、莖、果實、愈傷組織、PSB-D懸浮ζ 細胞系。同時，sea-ATI也成功應用於單子葉植物车牌号，系統測定了蒺藜草屬C4植物巨菌草（Cenchrus fungigraminus）幼芽的∴順式作用元件組。巨菌草具有多種優良性方克狀（高光合、根系發達、高大速生、高抗逆性、高經濟價值、內生固氮），為福建農林大學菌草國家工程技術中心選育出的優良飼√草、能源草、生態草，也是菌草技術目前推跑到廣面積最大，經濟效益最佳的草種。
所得sea-ATI文庫經測序分析，共de novo鑒定出41個高生化活孙连波性的順式作用元件基序模型（motif models），其中15個基序在PlantPAN(2), PlantTFDB(3)等綜合性植物轉錄因子數據庫中均未收錄，對應於未知轉錄因子的識別模型，代表著植物順式作■用調控的新語法。本工作進郗建杰一步對鑒定到的順式作用新元件進行了功能驗證。Tn5足跡分析表明鑒定到的順式作用元件上张得勇有轉錄因子結合。與轉錄曾伟組的聯合分析，以及雙熒光素酶報道實驗表明鑒定到的順式作用元件王燕妮具有轉錄調控活性。同時，本太阳成集团61999官网鑒定到乙酰半胱氨酸的4個未知順式作用马庚元件模型與另一項正在進行的研刘丽娟究工作中的 ALOG家族轉錄因子的識別模型高度相似(4)，有效證︾明了sea-ATI方法可系統鑒定對應於所〗有已知與未知轉錄因子的、具有生理生化功能的順式作用元件。
此外，太阳成集团61999官网人員々也比較了sea-ATI和DAP-seq文庫中的WRKY二聚讨论體順式作用元件特征，分析表明WRKY二聚體順式作用元件的進化受到了熱力學選擇和遺傳漂變的共同作用。
討論，啟發■與展望
本研电信究為系統鑒定植物組織生化活性順式作用元件組提供了有效工具。同時，本太阳成集团61999官网提供了大量先前未報導的活ㄨ性順式作用元件模型，為註釋植物非編碼基因組功能元件、理解植物轉錄調控語法提供了重要線索。促進了植物生理生化機制〇的深入理解，也可為育種提供候王连红選靶標。
起源於福建農林大學，由林占禧太阳成集团61999官网員開發的菌草技術，為國際貧困地霍振增區的生態治理與經濟發展提供了中國方案。習近平總↓書記向菌草國際合作論壇致賀▲信指出，應深入發展菌草事業，使菌草成為造福廣大發展中國家人民的“幸福草”。本太阳成集团61999官网鑒♀定了主推品種巨菌草全基因組範圍的活性順式作用元云南件，為開展基因編◥輯，推動菌草種質創新提供了高活性非編碼基因組功能位♀點。
原文鏈接
academic.oup.com/nar/advance-article/doi/10.1093/nar/gkad853/7321063?login=true
太阳集团电子游戏博士生溫陳金、已畢業碩士生袁振和∮碩士生張笑天為該論文的共同第一作者，福建農林大學朱周冰芬方捷教授、林俊城副教授和呂ㄨ培濤教授為共同通訊作者。該太阳成集团61999官网獲得國家自然科學基金、福建省自然科學基金可比性、福建省重大專項、福建農◥林大學啟動經費等基金資助。
Refrence
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